海沿いの小さな街で繰り広げられる、優しいストーリー。
ドジでぽんこつな幼なじみ、出来の良い義妹、ケンカ友達のクラスメイト…「ギャルゲー」ではお馴染みのシチュエーションが、笑いあり・涙ありの物語で展開される。
片瀬 健二（かたせ けんじ）
声：高橋あきお（ドラマCD）/喜安浩平（OVA）
主人公（名前及びあだ名の変更可能）。身長175cm。
根は優しいのだが、女の子にはついいろいろひどいことをしてしまう。ゴーイングマイウェイな性格。
片瀬 雪希（かたせ ゆき）
声：綾川りの/綾川りの
オメガ みしょう リプロヘル ひらがね 神の手 マップ るりこん ウシュ とよのか ブランデー タイプ リンギット ストール スキット ダビデ ケトル アグリ リーマン カサブ ラリアット ブライ バーン レジオ シザ イリノイ 誠の旗 こりんき サンキライ ひすい えーがた オーロ マルチ ジルコン セコンド ラダーラ ハラル アシン リトラコ リバティ フリー ヘメロ シャチ モッズ ロータリ タォマ ザール ハウリン もちがせ 紅の水 ダン
素直で素直で素直な主人公の義妹。
家事全般を笑顔でこなす健気な少女（「新ぽんルート」では料理が苦手な設定）。
カーキ色のショートヘアー。黄色いリボンでまとめている。瞳は青。
5月7日生まれ。血液型はA型。身長151cm。スリーサイズはB80/W56/H81。
別名「マイシスター」。エロゲ界シスコン対象キャラの代名詞。
ねこねこソフトの看板的なキャラクターであり、以後の同社ゲームソフトの大半にオマケとして彼女と義兄とのHシーンが収録されていた程である。
日和（まじかる☆ひよりん）に魔法少女の衣装を用意させられ、「魔法少女まじかる☆雪希ちゃん」として登場することもある。
早坂 日和（はやさか ひより）
声：籐野らん/後藤邑子
あたふたおろおろ標準装備のぽんこつさん。
主人公のへっぽこな幼馴染。すぐ泣きすぐ笑いすぐこける。
雪希とは姉妹の様に仲が良いが、主人公をめぐり微妙な三角関係を形成。
コンシューマ版では、訳あって片瀬家で主人公兄妹と一緒に暮らす「新ぽんルート」（新ぽんこつの意味）が追加されている。料理は上手くなっているがやはりぽんこつさん。
ピンクのロングヘアー。「新ぽんルート」のみリボンで束ねている。瞳は青。
日和ルートとそれ以外のルートではキャラクターの位置付けが若干異なっている。日和ルートでは幼い頃に引っ越しているが、それ以外のルートでは引っ越していない。
4月23日生まれ。血液型はO型。身長160cm。スリーサイズはB87/W58/H85。
なぜか「日和先生」と呼ばれることが多い。またおかえしCDでは「魔法少女まじかる☆ひよりん」として活躍。
ぽんこつ王家の方。
日和ルートをクリアすると、タイトル画面のメニューが追加され、ショートストーリーがプレイ可能（一部のみ音声あり）。
小野崎 清香（おのさき きよか）
声：上本のぞみ/河本明子
主人公の幼馴染で同級生、口喧嘩友達。チビっ子で、巨大リボン装着。
毎年冬になると砂絵作成に没頭するが、何故か完成させた事がない。
優しく見守る母親に何故か辛くあたり、それを主人公に注意されるが…。いわゆる「ツンデレ」系である。
金色のロングヘアー。白い巨大リボンでポニーテールにしているが、途中で2つに分かれている。瞳は青。
10月23日生まれ。血液型はA型。身長147cm。スリーサイズはB78/W55/H79。
あまりに個性的なリボンのため「巨大タケコプター」「サテライトキャノン」「巨大パラボラ」などと呼ばれることも。
実際に「ねこねこファンディスク2」に収録された、同じパートナーブランドの戯画のヒット作「BALDR FORCE」のゲームシステムにねこねこソフトの歴代のキャラを組み合わせたゲーム、「バルドねこフォース」に登場した際は、サテライトキャノンが武器であった。
清香のファンは「キヨカスキー」と自称することが多い（注：ドリームキャスト版のおまけ「探偵・片瀬健三郎」に、清香によく似た「キヨカスキー」というキャラクターが登場する）。
神津 麻美（こうづ あさみ）
声：堀奈生/佐久間紅美
主人公の上級生。人智を超えたのんびり屋。混雑する学食で食事をするのが夢。
餅が大好きで「餅をあげる」と言えば、たいてい言うことを聞いてくれる。うどんは必ず力うどん。
ほんわか天然だが、猫にまつわる悲しいトラウマを持つ。
おかえしCD3では、まじかる☆ひよりんの魔法で3倍の速度と、明るい性格を獲得した。
黒のロングヘアー。頭の右前で白い布と赤いリボンで一束をまとめている。瞳はブラウン。
8月3日生まれ。血液型はB型。身長167cm。スリーサイズはB92/W60/H87。
進藤 むつき（しんどう むつき）
声：奥森香由/吉住梢
「進藤ルート」でのみ登場する。
主人公の幼馴染で下級生。主人公への想いを胸に秘めた健気な少女。通称「おとな進藤」。
顔はそっくりだが性格は正反対の双子の姉妹、さつきがいる。
青いショートヘアー。赤いリボンでカチューシャ風にまとめている。瞳は赤。
8月14日生まれ。血液型はAB型。身長159cm。スリーサイズはB84/W57/H83。
進藤 さつき（しんどう さつき）
声：奥森香由/吉住梢
「進藤ルート」以外で登場するむつきの妹（むつきは全寮制の女子校に通っている設定）
雪希のクラスメイトであり、ハイテンションなマシンガントークを得意とする活発な少女。通称「やかま進藤」。
本編では下の名前がなく、おかえしCD3において作られた『やかま進藤の攻略ルート』において初めて「さつき」の名が出る。（#備考を参照）。
毎日余計なことをいっては、主人公の攻撃（チョップ）で、ほぼ毎日涅槃行きとなるのが定番パターン。
青いショートヘアー。瞳は赤。ほぼむつきと同じ外見であるが、髪は特にまとめてはいない。
8月14日生まれ。血液型はAB型。身長159cm。スリーサイズはB84/W57/H83。
インパクトの強いキャラであり、ねこねこソフトの宣伝担当と言ってもいいほどあちこちに顔を出している。他作品のおまけや、おかえしCD等への出演数もトップ級であり、単に進藤と言うとさつきを指す。
ドラマCD内では、まじかる☆ひよりんによって落ちとして最後に攻撃されてしまう他、「魔法少女まじかる☆シンドリッタ」にさせられたこともある。そのためか、進藤のことをさすのに「シンドリッタ」と呼ばれることも。
また、「夏はマシンガン」「冬もマシンガン」という、マシンガントークでひたすら喋るキャラクターソングを持つ。
なお、コンシューマ版の「新ぽんルート」では「やかま」と「おとな」の中間ぐらいのごく普通の女の子として登場している。
ちなみに「ねこねこファンディスク2」に収録された、「バルドねこフォース」に登場した際は、サブマシンガンという武器が「やかマシンガン」に変更されていた。
石川 冬佳（いしかわ ふゆか）
声：登場なし/根谷美智子
コンシューマ版での追加ヒロイン。
主人公の家庭教師となった大学一年生。落ち着いた物腰で論理的な思考を振りかざす。厳しい物言いは時として嫌われやすいが、本人はあまり周囲の目を気にしていない。
トラウマにより、他人を信じられない性格に。
栗色のロングヘアー。左右から一束ずつ後ろで合わせてまとめている。瞳は赤。
1月14日生まれ。血液型はAB型。身長164cm。スリーサイズはB85/W56/H84。
小野崎ゆかり（おのさき ゆかり）
声：表記なし/永見はるか
小野崎清香の母親（清香ママ）。PC版では「母親」としか表記されなかったが、コンシューマ版では「小野崎ゆかり」と名付けられた。清香との関係が上手くいっていないが、それにはある理由が…。見た目が凄く若い。
「進藤むつき」の妹の名前は当初考慮されていなかったが、ファンが開設した進藤FCサイトで行われた投票案の中から“さつき”の名前が公認された（公式ビジュアルファンブックのスタッフインタビューによる）。「進藤さつき」の名前は公式ビジュアルファンブックの書き下ろしショート小説で最初に使用され、パラダイムノベルズの『みずいろ』ノベライズ版でも使用されている。
清香ママこと「小野崎ゆかり」の名前は初期設定で存在していたが（公式ビジュアルファンブックのスタッフインタビューによる）、PC版では未使用。パラダイムノベルズの『みずいろ』ノベライズ版、移植されたコンシューマ版では正式に採用されている。
派生キャラクター
ねこねこソフトの代表作ともいえる本作品に登場したキャラクターは、後のねこねこソフト作品中においてアレンジされて登場している。
まじかる☆ひよりん
早坂日和が魔法少女に変身（自称）した姿。「困った、困った」と言っていると、どこからともなく「お困りですか?？」と言いつつ出現する。
本人は魔法少女として困った人を助けるつもりなのだが、あまり魔法が使えないばかりか、かえって相手を困らせる結果になる。
魔法の呪文は「ぴんぷるぱんぷる ろりぽっぷん まじかる まじかる るんらら? そ?れ、にゃう?ん」である。
なお類似のキャラクターとして、まじかる☆雪希ちゃん（片瀬雪希）・まじかる☆シンドリッタ（やかま進藤）もいる。雪希ちゃんは魔法の力を使うが、シンドリッタは体を張って問題を解決しようとする。
師匠としてまじかる☆ガンダルフ（16歳）がいる。しかしながら、ガンダルフはスタッフルームなどに登場するのみでひよりんと直接絡んだことはない。
さらにねこねこソフトの麻雀では、『ラムネ』の近衛七海に魔法少女の素質があることが判明、まじかる☆ナナミーの姿が見られる。
メカ進藤
やかま進藤を模した、手乗りサイズのメカ。マッサージ機能つき。ねこねこソフトのサイトの4コマ漫画の「諸葛瑾」にて初登場。
ソフトバンク地下300mの秘密工場で作られているという。
ひよりん部長
「まじかる☆ひよりん」をデフォルメしたぬいぐるみ。販売促進やコミケなどのイベントに登場し、汚れるとエステに行く（クリーニングに出される）。コットンソフトと『せいやん・YURIAの 美少女ゲームは嫌い?』のイベントにも登場している。UFOキャッチャー人形サイズの「ひよりん秘書」もいる。
偽部長と呼ばれる、ひよりん部長そっくりだが目つきが悪いぬいぐるみも後になって登場した。ひよりん部長と同じく販売促進やコミケなどのイベントに登場したが、ねこねこソフトとしての最後のコミケであるコミックマーケット70でお嫁に行った（一般参加の女性にプレゼントされた）ため、コットンソフト等のイベントには登場していない。
おまけストーリーを1つクリアする毎に、次のおまけタイトルが追加される。表示されるタイトルは下記の通り。但し最後の1つは雪希のアフターストーリーをクリアしないと表示されない。
スピードワンボックス財団
『 ジョジョの奇妙な冒険』のパロディ。荒木飛呂彦風のキャラクターが登場する。父の経営する喫茶店「スピードワンボックス」でバイトに励む、幽波紋使い・篠崎（ジョンスタァ）あやめのショートストーリー。音声なし。
湯けむりOL旅情はぐれグルメ三毛猫家政婦は見た殺人事件
『ポートピア連続殺人事件』のパロディゲーム。ファミコン版の画面及び効果音をほぼ忠実に再現している。テキストはひらがな及びカタカナのみを使用。音声なし。
白2
ショートストーリー。朝、日和と会話する主人公。自販機で購入したジュースのお釣りで会話が弾むが…。タイトルの意味はシナリオを最後まで進めると判明する。ヒロインのみ音声あり。
哭きのユキえもん
ショートストーリー。麻雀で先輩と進藤に大負けしたひよりんが、雪希えもんを連れて再戦する。一部音声あり。
エリコ ○6才
雪希ルートのアフターストーリー続編。タイトルをクリックすると現れる「ムーンゲート」を選択する事によりプレイする。エリ子○6才シリーズ「『エリ子○6才（主演）』?初めてのエプロン?」のビデオを主人公に騙されて見せられた雪希が裸エプロンでエッチする。音声なし。
DVD-ROM版
2002年と2005年、及び2008年にDVD-ROM版が、ねこねこソフトの通販限定で発売されている（2002年版と2005年版は販売終了）。以下の違いがある。
2002年版
パッケージ表面イラストはCD-ROM初回版パッケージ表面と同一イラストの日和を使用。
パッケージ裏面及び裏ジャケットのイラストは雪希を使用。なお、パッケージ裏面下部に「再販」と表記されている。
対応機種はCD-ROM版と同一。Windows 2000/XPでも稼動するが、メーカー正式サポート対象外（マニュアルに記載）。
CD-ROM版と比較して、シナリオの文法表現が一部修正されている。
2005年版
パッケージ表面及び裏ジャケットのイラストは新規描き下ろしの雪希を使用。
パッケージ裏面イラストはCD-ROM初回版パッケージ表面と同一デザインが使用されている。なお、パッケージ裏面下部に「再版」と表記されている。
Windows 2000/XPに正式対応し、Windows 95は動作対象外（本体プログラム及び誤字修正以外は2002年版と同一）。なお、NScripterがXP対応版に変更されたため、2002年版とセーブデータに互換性は無い。
DVD-ROMメディアが、雪希のイラストを使用したカラーレーベルに変更されている。
2002年版以降に発売された商品の差分パッチファイルを追加収録している。
通販特典として雪希のイラストを使用したテレカが付属。
2008年版
パッケージは2002年版と同一。DVD-ROMメディアは2005年版と同一デザインだが、Windows Vistaに正式対応している。
おかえしCD
PC版『みずいろ』のアンケートハガキを送付したユーザーに対し、ねこねこソフトから各種コンテンツが収録されたCD-ROMが送付された。下記2種類が存在する。現在入手不可能。
みずいろおかえしCD その1
最初に送付されたCD-ROM。CD-ROMのレーベルには「みずいろおかえしCDの巻」とあるが、プログラムタイトル及びバージョン情報では「いつもありがとうCD みずいろの巻」となっている。コピーライトはねこねこ（はやぶさのけん）ソフト。収録内容は下記の通り。
せつめい
雪希による、CD収録の差分ファイルの説明。『みずいろ』、『銀色』、『White ?セツナサのカケラ?』の3種についてゲーム画面に準じた形式で表示する。音声なし。
はなくまちょう
正式名称「ながいたいとるでよみにくいだろうけどがんばってよむんださつじんじけん」。『みずいろ』のおまけストーリー「湯けむりOL旅情はぐれグルメ三毛猫家政婦は見た殺人事件」と同様の内容だが、より理不尽なシナリオになっている。
野武士
ねこねこソフトのウェブサイトに掲載されていた4コマ漫画を再収録したもの。不足分あり。
ほりーゆーじを倒せ
『ドラゴンクエストII』のパロディゲーム。フィールド画面はファミコン版に準じ、サウンド及び効果音もそれらしく再現している。戦闘画面のみ、一部音声あり。
水色の土曜日
日和ルートのアフターストーリー。日和と健二が遊園地でデートする模様を描く。ヒロインのみ音声あり。
ユキちゃん○6才
雪希ルートのアナザーストーリー。エリ子○6才シリーズのレアアイテム「エリにょ○6才!」のビデオを健二に騙されて見せられた雪希が「デジにょ」コスプレにさせられてエッチする。ヒロインのみ音声あり。
※メニューには表示されていないが、日和の壁紙2種、進藤の壁紙1種、及び『銀色』のMADが収録されている。
みずいろおかえしCD その2
「その1」が在庫切れになった後、送付されたCD-ROM。「その1」と異なり、アンケートハガキを送れば比較的後年まで入手できた。コピーライトはねこねこ（はかいのつるぎ）ソフト。収録内容は下記の通り。
かいせつ
日和による、CD収録コンテンツの解説。ゲーム画面に準じた形式で表示する。音声あり（何故か棒読み口調）。
ユキちゃん○6才
雪希ルートのアナザーストーリー。エリ子○6才シリーズ中、一際マニアックでレアな「ミニスカ婦警さん2001」のビデオを健二に隠れて見ていた雪希が「ミニスカ」コスプレにさせられてエッチする。ヒロインのみ音声あり。
ねーちんドラマCD
全8話。「ねーちん 前半」4話及び「ねーちん 後半」4話で構成。
「ねーちん 前半」- ショッピンクを楽しんでいた健二と雪希。ふと立ち寄った大正風の食堂で、雪希はウェイトレスから「朝奈」と呼ばれて詰問される。
「ねーちん 後半」- 「佐々井亭」から逃げ帰った夕食時、健二と雪希の二人で食事を行おうとしていた片瀬家に、雪希を「朝奈」と呼ぶ女性が訪問する。